В первые годы существования Кирилло-Белозерского музея его фонды комплектовались главным образом памятниками, поступившими из храмов и монастырей города Кириллова и его окрестностей, закрытых после обрушившихся на страну революционных событий. Основой коллекций стали превосходные образцы иконописного и декоративно-прикладного искусства, хранившиеся в храмах и ризницах прославленных северных монастырей, оставивших заметный след в истории страны, способствовавших духовному и культурному развитию Белозерского края. Такими являлись Кирилло-Белозерский и Ферапонтов монастыри, основанные в конце XIV века московскими монахами Кириллом и Ферапонтом, учениками прп. Сергия Радонежского, Нило-Сорская пустынь - первый русский скит, устроенный в конце XV века прп. Нилом Сорским, и Воскресенский женский монастырь в Горицах, основание которого принято относить к 1544 году, связывая это событие с возведением на средства опальной княгини Ефросиньи Старицкой каменного Воскресенского собора. В последующие годы музейные коллекции существенно пополнились благодаря его собирательской деятельности. В настоящее время музей обладает интереснейшим собранием, в составе которого находятся известные во всем мире шедевры древнерусского искусства.
V pervye gody suschestvovanija Kirillo-Belozerskogo muzeja ego fondy komplektovalis glavnym obrazom pamjatnikami, postupivshimi iz khramov i monastyrej goroda Kirillova i ego okrestnostej, zakrytykh posle obrushivshikhsja na stranu revoljutsionnykh sobytij. Osnovoj kollektsij stali prevoskhodnye obraztsy ikonopisnogo i dekorativno-prikladnogo iskusstva, khranivshiesja v khramakh i riznitsakh proslavlennykh severnykh monastyrej, ostavivshikh zametnyj sled v istorii strany, sposobstvovavshikh dukhovnomu i kulturnomu razvitiju Belozerskogo kraja. Takimi javljalis Kirillo-Belozerskij i Ferapontov monastyri, osnovannye v kontse XIV veka moskovskimi monakhami Kirillom i Ferapontom, uchenikami prp. Sergija Radonezhskogo, Nilo-Sorskaja pustyn - pervyj russkij skit, ustroennyj v kontse XV veka prp. Nilom Sorskim, i Voskresenskij zhenskij monastyr v Goritsakh, osnovanie kotorogo prinjato otnosit k 1544 godu, svjazyvaja eto sobytie s vozvedeniem na sredstva opalnoj knjagini Efrosini Staritskoj kamennogo Voskresenskogo sobora. V posledujuschie gody muzejnye kollektsii suschestvenno popolnilis blagodarja ego sobiratelskoj dejatelnosti. V nastojaschee vremja muzej obladaet interesnejshim sobraniem, v sostave kotorogo nakhodjatsja izvestnye vo vsem mire shedevry drevnerusskogo iskusstva.